一些NPDES许可证方案领域的影响直辖市如何处理其生活废水和雨水径流。妥善管理市政设施，如公有处理厂（公共水处理机构），和污水处理系统，如单独及联合雨水下水道系统，起到保护社区健康和当地的水质具有重要作用。直辖市依靠从其他合作伙伴，如工业，开发者和房主的援助，以确保他们能够满足包含在他们的市政NPDES许可要求。市政工作人员，谁是负责满足NPDES许可证的义务，必须了解NPDES许可程序工作，谁应该参与和教育有关的NPDES程序，哪些信息是可以帮助有效地执行他们的工作。市政污水的一个重要方面是，它是适合于生物处理。市政污水处理厂的生物处理组件被称为二级处理，通常是先通过简单的沉淀（一级处理）。二级处理标准是由美国环保署建立了公有处理厂（公共水处理机构），反映二级污水处理厂的表现。这些技术为基础的法规适用于所有城市污水处理厂和代表的出水水质达到了二级处理的最低水平，这反映在五天生化需氧量（BOD5）和总悬浮固体（TSS）的去除方面。