虽然污泥经过处理可以得到很好的循环利用，但是在使用污泥制品的同时也需要注意随之而来的环保问题。施用过污泥的土地，应当始终防止任何形式的不良环境影响。污泥中的物质不得包含不可降解材料，如塑料等。污泥从污水处理厂到农地的这段距离内就会产生一些不方便的问题，如噪音和异味产生。选择运输污泥的车辆应当选择适应当地环境的，以尽量减少对市民造成不便的线路。还应当注意，尽量避免载有污泥的车辆上高速。

气味控制是污泥应用最重要的环境问题。包括轮船应用于污泥的运送过程，这会减少恶臭的扩散。未经处理的污泥应使用专用车辆。

伟大的护理是必要的，以防止污泥流失到道路或相邻的土地，根据地形，土壤和气候条件。在坡地上有这样的径流达到河道，造成严重的水体污染的风险。污泥施用量必须作相应的调整，并在某些情况下，可能会蔓延，必须停药。除了地表径流的问题，污染可能产生的液体残渣的渗滤入土地排水道，特别是当喷射技术被用于液体或污泥被施加到干燥裂隙的土壤。在高度敏感的水体污染的地区，污泥应仅按照污染控制权限，以及良好的养殖实践的要求。在农场的污泥存储可以优化传输和应用业务，但必须尽一切努力确保储存设施的安全性。