尽管生物燃料可能产生的可再生燃料的好处，可能是有缺点的水质和其他环境压力，特别是如果玉米为原料单单依靠。玉米产量增加的后果将取决于重要的（以及如何）的额外玉米生长，这反过来，依赖于土地的特点及其相关的盈利能力。以前的工作依赖于经验法则分配土地种植面积增加基于历史土地用途或其他启发式。在这里，我们推进我们理解这些现象的描述经济学主导的土地使用模式的一个分水岭为基础的水质模型密西西比河上游流域（UMRB）的建模系统连接。这种建模系统是用来评估水质的变化，由于玉米种植面积增加，这与相对较高的玉米价格。我们专注于六个场景基于现实对玉米和大豆价格降低大豆玉米价格比对应的规模。这些价格主导的土地利用变化提供的水质的影响，估计目前的生物燃料政策可能在UMRB有。我们的分析可以帮助评估与生物燃料的任务，新的能源法案的实施策略的成本和相关的环境后果。总的氮和磷的金额交付给出口的UMRB（位于格拉夫顿，伊利诺伊州，美国）的上??升，玉米生产在该地区变得更加密集。我们的研究结果表明，玉米播种面积14.4％的分水岭由于玉米激化，在经济最有利可图的位置会导致增长了5.4％总氮负荷增加4.1％，总磷负荷的格拉夫顿。我们最积极的情况下，带动高，但并非遥不可及农作物的价格，结果在大约57％的玉米播种面积增加，相应的增长18.5％的氮和12％的增幅P.这些偏于保守相比，增加营养以往的研究，可能是由于我们专注于耕地农田，这已经是严重受精。

温尼伯湖是加拿大草原景观和多个司法管辖区的盆地覆盖加拿大西部的农业区大部分的标志性功能。湖虽然是区域和国家的重要性，它的水质退化，这是现在在世界上最大湖泊富营养化。有毒蓝绿色藻类大量繁殖，影响湖泊的磷负载驱动。工业和市政废水点源，弥漫性非点源来自农田和自然背景来源都有助于整体流入湖中的磷负荷。有效补救湖的水质将需要新颖的方法，旨在降低水的污染都点和非点源 在1981年在美国发起，水质量商贸（WQT）被吹捧为一个生态和经济有效的方法，以减少水从点源和非点源污染和改善水质受损。在温尼伯湖流域实施WQT系统，可以提供一个机会，利用市场的力量，成本有效降低磷排放。WQT框架温尼伯湖盆地内实施，都必须精心设计，使水的排放配额的供应和需求将导致磷减少交易成本效益， 国际可持续发展研究所研究WQT系统内的潜在应用温尼伯湖流域磷排放量降低影响到湖泊。温尼伯湖盆地WQT架构由一个多层次的以流域为基础的交易系统。除子流域的交易将允许为满足整体磷负荷的目标为湖子流域内的交易将允许子流域流出会议磷负荷指标。多层次的体系结构设计，同时修复温尼伯湖的水质，使区域和地方水资源综合管理。

这些流包括基于当前的营养盐负荷附近的牲畜业务。目前的污染控制措施，预计不能够得到足以抵消这种养分投入。

1996年，阿肯色州部污染控制与生态城分行，白糖少许河的一条支流，是不干净的，足以用于饮用水，只有部分清洁，足以支持内流的水生生物。这是由于从点源污染来自附近城市的营养负荷。小舒格克利克也有高浊度和营养水平的非点源污染，，乃仅部分支持水生生物。  

最近已经有些井埃尔克河流域内的污染。地下水中发现高水平的镭在Lanagan和Noel，密苏里州，已发现的高的水平井在一些家庭和硫??化氢。硫化氢是像臭鸡蛋气味的气体。

如果在一条河的水太热或如果没有足够的溶解在水中的氧气，鱼类大量死亡。请参阅下表为创纪录的被称为“鱼类死亡”，已在埃尔克河流域发生大死亡事件。埃尔克河流域大部分鱼类死亡归因于密闭动物饲养操作和家禽养殖场废弃物。